1月8—10日，“地铁创新技术研讨会、一期工程科技成果鉴定会”在深圳市迎宾馆召开。我司“地铁信息化与综合深度集成监控系统”等10项创新科技成果通过了中国工程院和来自全国的轨道交通专家的鉴定。
1月12日，市政府授予我司为“2005年度全市重大项目建设工作先进单位”。
1月18日，国家发展和改革委员会批准实施深圳市城市轨道交通1号线续建工程。续建工程从世界之窗站起，至深圳机场。工程全长20.415公里，设车站15座，工程总投资额为110.69亿元。
2月9日，市发展和改革局正式批复我司，地铁一期工程的试运行（含试运营）期限定为从2004年12月28日至2006年6月30日。自2006年7月1日起全线正式运营。
2月27日，在地铁运营综合楼3楼多功能厅召开全体干部大会，宣布公司班子的任免决定。市委常委、组织部长王穗明，副市长张思平，市国资委党委副书记柏立新宣布有关任免文件：陈玉明任市政府副秘书长，免去其地铁公司董事长、董事、党委书记、党委委员职务；暂由公司总经理施佑生主持工作。
6月12日，我司分别与铁道第二设计院和铁道第三设计院签署深圳地铁2号线勘察设计总承包与设计咨询合同。
6月23日，在地铁运营综合楼3楼多功能厅召开全体干部大会，宣布公司班子的任免决定。市委常委、组织部长王穗明，副部长王京东，市国资委党委副书记柏立新到地铁公司宣布有关任免文件：张晓莉任地铁公司董事长、党委书记；李鲁宁任地铁公司党委副书记、纪委书记、董事；免去谢友松同志党委副书记、纪委书记、纪委委员职务，并不再担任公司董事会董事，推荐其任公司副总经理。
8月21日-23日，由市发展和改革局、规划局、建设局联合主办，地铁公司承办的深圳地铁1号线续建工程世界之窗至西乡中心段补充初步设计和2号线工程试验段初步设计评审会在深圳麒麟山庄举行。8月23日，公司组织召开了深圳地铁1号线续建工程西乡中心至机场段总体设计专家咨询会。
9月5日，公司在竹子林车辆段运营综合楼三楼多功能厅召开了三项制度改革动员大会。张晓莉董事长等公司领导向全体员工传达了市国资委关于深化劳动人事分配制度改革工作动员大会的精神，并就三项制度改革工作的开展作了动员和部署。
9月23日，在地铁运营综合楼3楼多功能厅召开全体干部大会，宣布公司班子的任免决定。国资委党委副书记柏立新、企业领导人员管理处处长牟勇到地铁公司宣布有关任免文件：免去施佑生党委副书记、党委委员职务，施佑生不再担任地铁公司董事会董事职务；建议解聘施佑生地铁公司总经理职务；建议解聘尤福永地铁公司副总经理职务；推荐林茂德任地铁公司副总经理，建议由其主持经营班子工作。
9月28日，公司召开2006年第4次董事会会议，同意聘任林茂德任地铁公司副总经理，并由其主持经营班子工作；解聘施佑生地铁公司总经理职务；解聘尤福永地铁公司副总经理职务。
10月1-7日，“十一”黄金周7天共运送乘客205.2万人次，其中国庆节当天客流最高，为40.1万人次，日均客流量29.3万人次，比今年五一黄金周增长13%，实现运营安全生产650天。
10月14日至15日，公司在竹子林车辆段运营综合楼6楼会议室举行深圳地铁2号线工程总体设计评审会，会议对地铁2号线工程的线位、站位、车辆选型、车站建设、客流预测、机电设备等涉及总体设计方面的内容进行评审。
11月17日，公司召开中层干部竞聘上岗动员大会。经过一个月的精心组织，通过公开报名、资格审查、民主测评、面试、党政联席会审议等相关程序，选拔出40名中层管理人员。同时，实行员工双向选择入岗。这是公司成立以来首次在全公司范围内推行中层干部竞聘上岗、员工双向选择。
12月16日，国家安全生产监督管理总局安全评价评审中心在北京组织召开了《深圳市城市轨道交通二期2号线工程安全预评价报告》评审会。会议一致同意《评价报告》通过评审。
12月20日，副市长张思平在市国资委高雷副主任等有关人员的陪同下，莅临地铁公司就三项制度改革进展及地铁经营管理状况进行调研。公司张晓莉董事长、成泽民监事长等公司领导及新任中层干部正职参加了会议。
12月23日，深圳地铁2号线试验段工程开工典礼在世界之窗站工地举行。
12月25日-26日，中国国际工程咨询公司受国家发展和改革委员会的委托，组织北京、广州、成都等地的专家对《深圳市城市轨道交通二期2号线工程可行性研究报告》进行评估。
12月26日，深圳地铁一期工程增购4列自主设计的A型车辆采购合同签字仪式在五洲宾馆举行。国家发展改革委员会、中国交通运输协会、市发改局等单位参加了仪式。
12月28-29日，由市发改局、规划局、建设局联合主办，地铁公司承办的深圳地铁2号线扩大试验段工程初步设计审查会在深圳麒麟山庄举行。